潔凈室的定期維護是非常必要的。清潔人員必須要穿著與生產人員一樣的潔凈服，潔凈室的清潔器具，包括拖把，也要仔細選擇。一般家庭使用的清潔器具太臟，無法在潔凈室使用。而且使用真空吸塵器也要特別注意。在真空吸塵器中的排風系統中，裝有HEPA過濾器，現在已經可以在潔凈室中使用。許多潔凈室有內置式真空系統來減少清潔時產生的臟東西。

　　擦凈工藝工作臺需要使用特殊的低污染的抹布與海綿。而且擦拭的程序也是非常關鍵的。墻面的擦拭要從上到下，桌面要從后向前。用噴壺噴灑的清潔劑，應噴到潔凈布表面，而不是被清潔物表面。雖然這個方法很簡單，但可以減少在晶圓與設備上的不必要的過量噴灑。這樣潔凈室的清潔本身也就成為支持半導體工藝的輔助技術。許多制造廠聘請外部認證公司24來確定潔凈等級、工作過程、程序文件與控制程序，并加以文件化。