然而，燃料電池的推廣并不存在技術上的問題，但成本以及加氫站的建設卻是兩大較難逾越的障礙，氫燃料電池汽車實現民用化、商業化難度很高。

燃料電池生產成本很高，而加氫站的建設甚至比鋰電池電動汽車的充電站更難，因此目前鋰電池用的較多(注：特斯拉汽車用的便是鋰電池)。首先，氫氣有爆炸的隱患，另外，氫氣來源渠道有限，日本的加氫站是選擇建設在氯堿廠旁邊的，因為氯堿生產可副產大量氫氣。

所以從燃料來源這個角度來說，甲醇燃料電池的可能性還比較大，因為甲醇的來源比較廣，目前全球范圍內能實現氫燃料電池商業化的企業還沒有，要實現大規模商業化的難度很高，國內短期內也看不到希望。

雖然豐田、奔馳想向世界宣告氫燃料電池生產技術已成熟，估計生產幾十、幾百輛是沒有問題的，但大規模生產仍不太可能。

近些年日本、歐洲、美國加州、荷蘭等地都在加緊推動建設加氫站和燃料汽車的使用，若國外氫燃料電池汽車能實現一定程度的量產，那么國內相關企業的產品也是有可能進入整個供應體系的，由于氫燃料電池和鋰電池各有利弊，因此短期內兩者還不能互相取代。