Ruffell等人利用動物感染和試管脫囊技術評價了ClO2對隱孢子蟲卵囊的Iowa變種的滅活效果，結果顯示，在pH值為8.，要達到99%的滅活率。氧消毒臭氧作為一種新型消毒劑，已經在水處理領域中開始被廣泛使用。高級氧化過程能夠產生大量的高活性羥基自由基，能夠將有機物氧化或碳化為水、二氧化碳和無機酸；除此之外，臭氧對水中的微生物（細菌、病毒和原生動物等）也有極好的消毒效果。冉治霖等利用熒光活體染色法研究了臭氧滅活水中隱孢子蟲和賈第蟲的滅活效能，并對機理進行了探討，pH值為中性條件，投加初始濃度為3.mg/L的臭氧，反應時間7min，滅活率可達到99.9%；究其原因可能是高級氧化產生的羥基自由基可破壞的細胞結構、引起細胞膜通透性畸變、裂解，致使細胞器外泄，引起細胞凋亡。