冷凝器冷卻系統在日常運行過程中，其水循環系統常發生結垢、腐蝕和生物粘泥等故障，嚴重時影響系統正常運行、導致設備提前報廢。這些污垢主要由以下幾個原因形成：

1. 水垢：換熱設備一般采用冷卻塔冷卻循環。水蒸發引起循環水濃縮倍率的提高， CaCo3 、 Ca(PO4)2 、 MgCO3 等微溶鹽的溶解度隨著溫度的升高而降低，容易達到過飽和而從水中析出，這些結晶的沉積物容易沉積在冷凝器的表面形成水垢。牢固地附在冷凝器的換熱表面和管線上，其結構致密而堅硬。

2. 藻類粘泥：冷卻塔中從上而噴淋下來的水遇到含有灰塵和微生物的空氣中，將大量的微生物進入冷卻水系統。冷卻水的水溫范圍又特別利于某些微生物的生長。從而使系統中產生大量微生物粘泥，附著在冷凝器管內，形成生物性污垢。

3. 氧化物垢和金屬腐蝕：水中溶解 O2 和 CO2 引起的腐蝕，冷卻水都溶解一定濃度的 O2 和 CO2 。當碳鋼與溶有 O2 的水接觸時，由于金屬表面的不均一性和水的導電性，在碳鋼表面會形成許多腐蝕微電池，微電池的陰極區和陽極區分別產生的氧化反應和還原反應，產生的 Fe2O3 結構疏松。無保護作用，這些反應，會使微電池的陰極區的金屬不斷溶解而被腐蝕。