以下是應注意的要點：
1、潔凈室的清掃應在每天下班前工藝操作結束后進行。
2、清掃要在潔凈室凈化空調系統運行中進行，并根據不同凈化級別進行定期檢測。
3、清掃工作結束后，凈化空調系統要繼續運行，直到恢復規定的潔凈度級別為止, 一般不短于該潔凈室自凈時間。
4、為了防止交叉污染，不同潔凈度級別的潔凈室有各自專用的清掃用品，掃在一起的垃圾裝入塑料袋中拿出。對于從生物安全實驗室掃出的垃圾則要焚燒，使用過的清掃用具要浸漬藥水消毒。
5、清掃用拖布、抹布不要用易掉纖維的織物材料，一般可用絲綢，尼龍綢，聚胺脂海棉等。
6、.對于高級別潔凈室清掃用水不應用自來水，而應用過濾過的水。
7、潔凈室清掃用洗滌劑可按每升水加入30克中性的殘留物含量少的液體洗滌劑配制而成。
8、大的物件搬進潔凈室時，先要用真空吸塵器或擦拭方法處理，在潔凈室凈化系統停止運行期間，不允許把大的物件搬進潔凈室。
9、需要拿入潔凈室的小物件，先要擦拭清潔，然后通過傳遞窗進入潔凈室。
10、使用的消毒劑需定期更換，以防微生物產生抗藥性。
11、凈化空調系統啟動時，禁止先開回風機。系統關閉時，禁止先停送風機，單風機系統除外，系統未運行時，不應單獨開啟局部排風系統。
12、對正壓控制裝置，應經常檢查以免失靈。
13、對潔凈室的消防器材、安全門、安全通道都有醒目標示，工作人員要熟悉它們的位置。安全門必須保證隨時可以開啟，安全通道中不準堆放雜物。安全防火設施應經常檢查。
14、潔凈室發生火警時，應立即發出警報，關畢風機和潔凈室內的所有設備，切斷電源及易燃氣體通路。(配有防火閥或防火開關的系統迂火警將自動關畢風機，事后需手動復位。)
